امامزاده سلطان سید علی بن موسی بن جعفر (ع)

مشهور ترین امامزاده نائین سلطان سید علی بن موسی بن جعفر (ع) می باشد.

در باب شهادت این امامزاده روایت های تاریخی نقل کرده اند که در کوپایه اصفهان یکی از مخالفین اهل بیت که با تشیع و علویان سر ستیز داشته،با بیلی بر پیشانی آن جناب زده و فرقش راشکافته است سید علی با فرق شکسته می گریزد ولی ضارب او را تعقیب کرده و پس از تجسس زیاد ما یوس شده و بر می گردد. آن سید برای جلوگیری از خونریزی دستمالی به سر بسته و به مردم نایین پناه می آورد.
ولی از شدت جراحات به شهادت می رسد و تا مدت ها مشهد وی ناشناخته می ماند تا آنکه فردی به نام امیر جلال الدین که خود از سادات بوده در اثنای سفر حج با زائران بیت ا... الحرام به نائین می رسند. در بیرون دروازه نایین یکی از شتران وی از جای بر نمی خیزد در حالی که هیچ ناراحتی نداشته است هرچه شتر را می کشند به جای خود بر می گردد . پس به قصد شکافتن زمین او را نهیب داده تا به کناری رود ، آنگاه زمین را می شکافند تا به سنگ لوحی می رسند که نشان جسد شخصی با جامه سبز و سفید آشکار می گردد.

مصحفی بر سینه اش نهاده و تنها اثر جراحتی بر سرش وارد کرده اند پدیدار می باشد، دستمالی که سید بر سر بسته بود بر می دارند ولی با کمال تعجب مشاهده می کنند که ازمحل آن فوراَ خون فوران می کند، با ملاحظه این وضع دستمال را مجدد بر سر سید بسته و تصمیم میگیرند برمزارس بارگاهی بنا کنند. گنبد و بقعه ای که اکنون بر این آرامگاه باقی است از همان دوران می باشد و برای آنکه عمران و آبادانی امامزاده با مشکلی مواجه نگردد قناتی را تحت عنوان قنات جلال آباد در حوالی نایین احداث نموده و سه دانگ آن را وقف امامزاده کرده و سه دانگ دیگر بران فرزندان خود باقی می گذارند. از آن تاریخ به بعد مردم ، برای تیمّن و تبرّک اموات خود را در محوطه اطراف امامزاده دفن می کنند. قبر میر جلال الدین مزبور در درب شرقی حرم امامزاده واقع است.
حرم امامزاده وسیع با و بر بالای آن گنبدی بزرگ با کاشی های فیروزه ای درخشنده گی خاصی دارد. در مجاورت این حرم مقبره امامزاده گان عالی مقام سید محمد و سید علی (ع) از نواده گان امام سجاد (ع) می باشند.
حاج میرزا عیسی شیخ السلام ، سید محمد رضا مجتهد و حاج ملا محمد حسن در اتاق های اطراف حرم مدفون هستند. اشعاری که در کاشی رواق مطهر منقوش است از میرزا علی تلگرافچی می باشد و در ضلع غربی حرم زائی سرای سنتی نیز وجود دارد.

این گنبد و رواق ک از عرش برتر است خود بارگاه زاده موسی بن جعفـر است
شهزاده معظم سیـد علیـــش نــام جانها فداش نور دو چشم پیمبـر است
از هشت باب خلد که وصفش شنیده ای زان هشت باب یک در عالیش این در است
جسمی که نیست خرم از او زیر خاک به چشمی که نیست روشـن از او کور بهتر است
یک آسمان رحمت و یک چرخ فیض وفضل جا داده در دو ذرع زمین مفعــر است
بوئی که می رسد به مشام از مـزار وی از بوستان زهره زهـرای اطهــر است